Uma das dificuldades que se põe em qualquer tarefa de cartografia hidrogeológica é a definição de critérios conducentes à individualização das unidades a cartografar. Esses critérios devem ter um carácter prático, de modo a satisfazerem necessidades dos futuros utilizadores e, simultaneamente, assentarem numa base aceitável quer do ponto de vista científico e de funcionamento natural.
Em função dos objectivos e da escala de trabalho, a definição dos sistemas aquíferos foi orientada de modo a que os mesmos possam constituir unidades de inventário e de gestão. Para isso os sistemas definidos devem corresponder, tanto quanto possível, a unidades de funcionamento, isto é, as várias partes ou subsistemas que as constituem devem estar relacionadas dinamicamente entre si de modo que qualquer modificação no estado de uma das partes terá repercussões nas restantes. Por outro lado, devem ter dimensões suficientes de modo a ser representáveis na escala de trabalho e ter importância suficiente, pelo menos a nível local.
Para além dos conceitos de sistema aquífero e aquífero já referidos e que estiveram na base da definição dos mesmos, utilizaram-se três tipos de limites para individualizar os sistemas aquíferos:
- Limites geológicos, coincidentes com limites entre unidades litológicas com comportamentos hidráulicos distintos. Os limites de um sistema poderão desviar-se mais ou menos dos limites geológicos por questões de desenho (haverá um alisamento) ou porque as informações disponíveis assim o aconselham. Por exemplo, reduzida espessura perto dos limites, ou pelo contrário, mergulho para além dos limites cartográficos
- Limites baseados em informações de sondagens. Este tipo de limites corresponde essencialmente ao prolongamento de sistemas aquíferos sob depósitos recentes.
- Limites supostos, baseados em critérios geológicos, estruturais, geofísicos ou outros. Este tipo de limites poderá possuir considerável margem de incerteza pelo que poderá sofrer revisão logo que informações posteriores assim o aconselhem.